Да. Заказ кода агрегации на несколько GTIN возможен только в рамках одной товарной группы. Для дальнейшей агрегации (связывания кода агрегации и кодов маркировки) необходимо выбирать пункт «Агрегация».
В спецификации API — 3.5.3 метод «Отчёт об агрегировании» (/reports/addAggregate).